Debido a que es un sistema de ficheros antiguo y limitado, a día de hoy no se utiliza en producción, sin embargo tiene la gran ventaja de ser compatible prácticamente con cualquier sistema operativo. Da igual si se usa Windows, OS X, Linux, Android o consolas de videojuegos, es muy raro que un dispositivo moderno no sea capaz de leer y escribir sobre este sistema de ficheros.
Debido su antigüedad, presenta ciertas limitaciones, ya que no es capaz de almacenar ficheros de más de 4 gigabytes y no permite crear particiones de más 8 terabytes. También da problemas cuando se utiliza muchos niveles de subcarpetas, así que si quiere pasar algo que contiene una gran cantidad de ficheros y niveles de subcarpetas, como por ejemplo el CMS Moodle, es mejor comprimir antes para evitar problemas.
Carece de ciertas características a nivel de seguridad que sí tiene NTFS y otros sistemas de ficheros más modernos, y por este motivo se recomienda encarecidamente el uso de NTFS en vez de FAT32 en las instalaciones de Windows 2000 y posteriores.
Es un sistema de ficheros que trabaja a una velocidad aceptable tanto a la hora de escribir como de leer, lo que unido a su gran compatibilidad con los distintos sistemas operativos del mercado lo vuelve ideal para su uso en pendrives, sobre todo si estos tienen menos de 16 gigabytes de almacenamiento. Lo de los 16 gigabytes no responde a nada técnico, sino a la lógica de que un pendrive de 32 gigabytes o más podría ir más enfocado hacia el almacenamiento de ficheros más grandes, de más de 4 gigabytes. Aquí también se puede meter tarjetas microSD y otras unidades de almacenamiento flash de poca capacidad.
NTFS es el sistema de ficheros utilizado por defecto en Windows desde hace década y media.
Incorporó una gran cantidad de mejoras con respecto a FAT, incluyendo permisos, registro transaccional (journal) para garantizar la integridad del sistema de ficheros, instantáneas, cifrado, cuotas de espacio en disco por usuarios, enlaces duros y otras muchas cosas. NTFS es un sistema de ficheros moderno que aún responde correctamente ante las necesidades de usuarios de todo tipo, y de ahí que después de tanto tiempo siga al pie del cañón (también hay que contar aquí su propia evolución). Además no ofrece las limitaciones de FAT32 a la hora de almacenar, soportando particiones mucho más grandes y almacenar ficheros enormes, por lo que hoy en día va sobrado para cualquier usuario común.
Sin embargo, pese a sus ventajas y ser bastante utilizado en discos duros (tanto internos como externos) y SSD, presenta ciertos problemas de compatibilidad con algunos sistemas operativos, sobre todo con el rival directo de Windows en ordenadores, OS X, empleado por Apple para sus ordenadores Mac.
Windows y sus variantes ofrecen soporte total para NTFS, así que por ahí no hay problemas. Linux por su parte se "alimenta" de un proyecto desarrollado con ingeniería inversa, ntfs-3g, que le otorga la posibilidad de leer y escribir sobre las particiones de ese formato, no siendo recomendable su uso para producción, pero si es suficiente para la utilización de NTFS como partición de datos. OS X de Apple es posiblemente el que sale peor parado, soportando solamente la lectura por defecto y necesitando de software adicional para escribir sobre NTFS, para lo cual se puede recurrir a aplicaciones como Paragon NTFS, OSXFuse o Tuxera NTFS for Mac.
NTFS es ideal para ser usado en discos duros externos, gracias a que soporta particiones y el almacenamiento de ficheros de gran tamaño, sin embargo puede plantear problemas cuando hay por medio un Mac e incluso alguna que otra distribución Linux, aunque todas las más populares pueden leer y escribir sobre NTFS sin problemas.
exFAT fue presentado en 2006 e introducido en Windows XP y Vista. Como su nombre indica, está relacionado con el sistema de ficheros FAT, y es concretamente una evolución de este que intenta eliminar ciertas limitaciones que presentaba FAT32, aunque sin introducir muchas de las mejoras presentes en NTFS.
La principal ventaja de exFAT frente a su predecesor es que elimina las limitaciones de almacenamiento, pudiendo crear particiones más grandes y dando la posibilidad de almacenar ficheros de más de 4GB, todo sin perder una de las características destacadas de FAT, la velocidad de lectura y escritura.
A nivel de compatibilidad las cosas cambian con respecto NTFS, ya que Windows y OS X tienen compatibilidad total con exFAT, sin embargo Linux se muestra más limitado, necesitando la instalación de software específico (paquetes exfat-fuse y exfat-utils en Ubuntu) y ofreciendo un soporte incompleto, ya que como mucho puede leer y escribir, pero no permite crear particiones.
Al igual que FAT32, exFAT es ideal para ser usado en pendrives y unidades externas en general, con especial mención a los dispositivos de más de 16 gigabytes de capacidad, aunque siempre es bueno asegurarse antes de que no de problemas en Linux.
Pese a todo siempre es bueno recordar que FAT32 ofrece más y mejor compatibilidad con una mayor gama de sistemas, por lo que exFAT podría quedar relegado a contextos muy específicos.
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